Nautojen ruokinta perustuu kunkin tuotantovaiheen tarpeet huomioivaan ruokintasuunnitelmaan. Talvella omalla tilalla tuotettu säilörehu sekä kokoviljasäilörehu ja heinä- tai laidunkaudella puolestaan tuore nurmi ovat kaikkien nautojen ruokinnan perusta.

Kotoisista rehuista teetetään analyysit, jotta tiedetään niiden tarkka ravintoainekoostumus. Tämän ansiosta naudoille osataan antaa lisäksi riittävä määrä oikeanlaista valkuaisrehua, hivenaineita, kivennäisiä ja vitamiineja.

Nautojen ruokinnassa pääasiallinen valkuaisenlähde Suomessa on kasviöljyntuotannon sivutuotteena syntyvä kotimainen rypsipuriste ja eurooppalainen rapsirouhe. Lisäksi Atrian sopimustiloilla käytetään valkuaisrehuina merkittäviä määriä suomalaisilla panimoilla oluen valmistuksen sivutuotteena syntyvää ohramäskiä sekä Altian Koskenkorvan tehtaalla viljaetanolin valmistuksen sivutuotteena syntyvää tärkkelysrankkia.

Karkearehua jaetaan navetan ruokintapöydälle useamman kerran päivässä, koska nautojen luonnolliseen syömiskäyttäytymiseen kuuluu jatkuva rehun jauhaminen ja märehtiminen. Nautojen ruokinnassa on viime vuosina yleistynyt ns. seosrehuruokinta eli väkirehua ei syötetä erikseen, vaan viljat, valkuaiskasvit ja muut tarvittavat rehukomponentit jauhetaan nurmen sekaan.